Εκτός από την αρχική δωρεά του Ιδρυτή Νικολάου Τριφύλλη, η περιουσία του Ιδρύματος αποτελείται από ακίνητα στην Αθήνα-Πειραιά, στα Κύθηρα και στην Αυστραλία, τα οποία έχουν κληροδοτηθεί στο Ίδρυμα από Κυθήριους της Ελλάδας και του εξωτερικού. Τα εισοδήματα από αυτά τα ακίνητα, αφού καλυφθούν τα έξοδα λειτουργίας και οι φορολογικές υποχρεώσεις του Ιδρύματος, διατίθενται για κοινωφελείς σκοπούς στα Κύθηρα, με προτεραιότητα τη συντήρηση του Γηροκομείου Κυθήρων.

Τριφύλλειο Μέγαρο

Μεταξύ των ακινήτων του ιδρύματος δεσπόζει το Τριφύλλειο Μέγαρο που έχει ανεγερθεί το 1977 στην οδό Θεμιστοκλέους 5, στη θέση του γνωστού εστιατορίου ‘Συντριβάνι’, που ήταν η αρχική δωρεά του Ν.Τριφύλλη.

Αποτελείται από 8 ορόφους, συνολικής έκτασης 2.000 τ.μ. περίπου, με την ονομασία ‘ΤΡΙΦΥΛΛΕΙΟ ΜΕΓΑΡΟ ΚΥΘΗΡΙΩΝ’, σύμφωνα με τη μελέτη του συμπατριώτη μας Πολιτικού Μηχανικού Σπ.Κασιμάτη, ο οποίος προσέφερε τις υπηρεσίες του αφιλοκερδώς. Στον 8ο όροφο στεγάζονται τα γραφεία του Ιδρύματος και η αξιόλογη βιβλιοθήκη που φιλοξενεί εκατοντάδες βιβλία Κυθηρίων, και μη, συγγραφέων, καθώς και τους τόμους όλων των κυθηραϊκών εφημερίδων και περιοδικών, που έχουν εκδοθεί. Το μεγαλύτερο μέρος αυτών των βιβλίων είναι του Κυθηραϊκού Συνδέσμου Αθηνών, ενώ μερικά άλλα είναι της Εταιρείας Κυθηραϊκών Μελετών. Στον 7ο όροφο στεγάζεται το ‘Πνευματικό Κέντρο των Κυθηρίων’, έκτασης 160 τ.μ . Είναι ένας χώρος καθημερινής επαφής Κυθηρίων και Φιλοκυθηρίων, μία αγκαλιά για όλους ανοικτή, προβάλλοντας το νησί μας με τις εκδηλώσεις που φιλοξενεί (διαλέξεις, εκθέσεις ζωγραφικής, προβολές κ.λ.π). Οι υπόλοιποι όροφοι έχουν εκμισθωθεί αποδίδοντας ένα αξιόλογο εισόδημα.

 Λοιπή Περιουσία

Πέραν του Μεγάρου της οδού Θεμιστοκλέους 5 στην Αθήνα, και η λοιπή  περιουσία του Τριφυλλείου Ιδρύματος (συμπεριλαμβανομένου του Γηροκομείου) αποτελείται από ακίνητα: καταστήματα , γραφεία, διαμερίσματα, οικόπεδα, αγροτεμάχια  και παλιές κατοικίες. Τα περισσότερα βρίσκονται στην περιοχή της Αττικής (Αθήνα, Πειραιά και περίχωρα ).  Υπάρχουν όμως και στα Κύθηρα δύο σημαντικά κτίσματα, η κτιριακή εγκατάσταση του Γηροκομείου και το κενό τώρα κτίριο του παλιού νοσοκομείου, αμφότερα στον ποταμό Κυθήρων. Εκτός αυτών, το Ίδρυμα έχει ακόμη στα Κύθηρα λίγα οικόπεδα, αρκετά αγροτεμάχια και λίγες παλιές κατοικίες. Από τα σημαντικότερα όμως και αποδοτικότερα  ακίνητα του Ιδρύματος είναι το κτίριο καταστημάτων στο Brisbane της Αυστραλίας, κληροδότημα του αειμνήστου Γεωργίου Σκλάβου. Σημειωτέον, ότι πολλά από αυτά τα ακίνητα ιδιοκτησίας του Ιδρύματος, ιδίως μικρά διαμερίσματα στην Αττική , είναι πεπαλαιωμένα και σε κακή κατάσταση, ώστε αποφέρουν ελάχιστο ή καθόλου εισόδημα, αντιθέτως, επιβαρύνονται με πολλά έξοδα και βαριά φορολογία .