Το Ίδρυμα διοικείται σύμφωνα με το άρθρο 4 του Καταστατικού του, από 9μελές Δ.Σ με 5ετή θητεία. Η εκλογή του Δ.Σ γίνεται το πρώτο 15ήμερο του Δεκεμβρίου από τη Γενική Συνέλευση που απαρτίζεται από:
1. τα 9 απερχόμενα μέλη του Δ.Σ του Ιδρύματος
2. τα 10 μέλη του Δ.Σ της Κυθηραϊκής Αδελφότητας Πειραιώς-Αθηνών
3. τα 11 μέλη του Δ.Σ του Κυθηραϊκού Συνδέσμου Αθηνών.
Δικαίωμα εκλογής, έχουν κατά το άρθρο 5, "ευυπόληπτοι Κυθήριοι, εφόσον γεννήθηκαν οι ίδιοι, ή τουλάχιστον ο έτερος των γονέων των εν Κυθήροις και διαμένουσι μονίμως εις την περιφέρεια της τέως Διοικήσεως Πρωτευούσης".
Το τρέχον Δ.Σ με θητεία μέχρι 31.12.2025 έχει ως εξής:
Πρόεδρος: Εμμανουήλ Γ. Καλοκαιρινός
Αντιπρόεδρος: Γαβριήλ Ν. Νικηφοράκης
Γενικός Γραμματέας: Νικόλαος Π. Γλυτσός
Ταμίας: Εμμανουήλ Π. Καλλίγερος
Μέλος: Μαρία Ε. Καλλιγέρου - Γλυνού
Μέλος: Δημήτριος Γ. καλαϊτζάκης
Μέλος: Πέτρος Γ. Κασιμάτης
Μέλος: Βασιλική Ι. Σαμίου-Φλωροπούλου
Μέλος: Γιάννης Π. Κασιμάτης
ΠΡΟΕΔΡΟΙ ΤΡΙΦΥΛΛΕΙΟΥ ΙΔΡΥΜΑΤΟΣ ΑΠΟ ΤΗΝ ΙΔΡΥΣΗ ΤΟΥ
ΚΑΛΟΚΑΙΡΙΝΟΣ ΓΑΒΡΙΗΛ, Αρχιμανδρίτης 1957-1960
ΦΩΤΙΟΣ ΙΩΑΝΝΗΣ του ΠΑΝΤΕΛΗ 1961-1972
ΚΑΣΙΜΑΤΗΣ ΠΑΝΑΓΙΩΤΗΣ του ΓΕΩΡΓΙΟΥ 1972-1975
ΚΑΣΙΜΑΤΗΣ ΓΕΩΡΓΙΟΣ του ΙΩΑΝΝΟΥ 1976-1995
2006-2012
ΣΤΡΑΤΗΓΟΣ ΙΩΑΝΝΗΣ του ΔΗΜΗΤΡΙΟΥ 1996-2006
ΚΑΛΟΚΑΙΡΙΝΟΣ ΕΜΜΑΝΟΥΗΛ του ΓΕΩΡΓΙΟΥ 2012-