Το Ίδρυμα διοικείται σύμφωνα με το άρθρο 4 του Οργανισμού του, από Διοικητικό Συμβούλιο εννέα μελών, το οποίο εκλέγεται ανά πενταετία το πρώτο δεκαπενθήμερο του Δεκεμβρίου υπό Συνελεύσεως που αποτελείται από:
1. τα μέλη του απερχόμενου Διοικητικού Συμβουλίου του Ιδρύματος,
2. τα μέλη του Διοικητικού Συμβουλίου της Κυθηραϊκής Αδελφότητας Πειραιώς-Αθηνών
3. τα μέλη του Διοικητικού Συμβουλίου του Κυθηραϊκού Συνδέσμου Αθηνών.
Δικαίωμα εκλογής, έχουν κατά το άρθρο 4 παρ.3, "ευυπόληπτοι Κυθήριοι που έχουν γεννηθεί οι ίδιοι ή τουλάχιστον ο ένας από τους γονείς τους ή τους παππούδες/γιαγιάδες τους, στα Κύθηρα και διαμένουν μόνιμα στην Περιφέρεια Αττικής".
Το τρέχον Δ.Σ με θητεία μέχρι 31.12.2030 μετά τις αρχαιρεσίες της 10ης Δεκεμβρίου 2025 έχει ως εξής:
Πρόεδρος: Γαβριήλ Ν. Νικηφοράκης Αντιπρόεδρος: Εμμανουήλ Π. Καλλίγερος Γενικός Γραμματέας: Κλεομένης Σπ. Πετρόχειλος Ταμίας: Ιωάννης Π. Κασιμάτης Μέλος: Δημήτριος Γ. Καλαϊτζάκης Μέλος: Πέτρος Γ. Κασιμάτης Μέλος: Δημήτριος Αν. Παρίσης Μέλος: Μαρία Δ. Σιμιτσή Μέλος: Ιωάννης Σπ. Σωτήρχος
ΔΙΑΤΕΛΕΣΑΝΤΕΣ ΠΡΟΕΔΡΟΙ ΤΡΙΦΥΛΛΕΙΟΥ ΙΔΡΥΜΑΤΟΣ ΑΠΟ ΤΗΝ ΙΔΡΥΣΗ ΤΟΥ
Μητροπολίτης, Γαβριήλ Α. Καλοκαιρινός 1957-1960
Ιωάννης Π. Φώτιος 1961-1972
Παναγιώτης Γ. Κασιμάτης 1972-1975
Γεώργιος Ι. Κασιμάτης 1976-1995
Ιωάννης Δ. Στρατηγός 1996-2006
Γεώργιος Ι. Κασιμάτης 2006-2012
Εμμανουήλ Γ. Καλοκαιρινός 2012-2024